سیستم اندوکرین یا هورمونی، بخش مهمی از عملکرد بدن زنان هست که آن ها را در مقابل درد ضعیف می کند. به علاوه مغز زنان نیز در این زمینه مقصر است. علت درد مفاصل در زنان با مردان یکی باشد؛ اما واکنشی که زنان نسبت به این درد دارند به نسبت شدیدتر است. پژوهشگران به این نتیجه رسیده اند که اندروفین که مسکن های طبیعی بدن هستند در بدن مردان عملکرد بهتری نسبت به بدن زنان دارند. این عامل گاها درمان درد مفاصل در زنان را سخت تر می کند؛ به علاوه مغز خانم ها در پاسخ به اتفاقات دردناک، مقدار کمتری دوپامین ترشح می کند و بدون دوپامین، اندروفین اثر به نسبت کمتری دارد.
بنابراین می توان به این موضوع پی برد که تفاوت های ساختاری بدن زنان و مردان نیز در ابتلای آن ها به برخی از انواع درد مفاصل موثر است. اگر واضح تر بگوییم، سهم قابل توجهی از علت درد مفاصل در زنان را مکانیسم بدن آن ها شامل می شود. به عنوان مثال زنان بیشتر مستعد ابتلا به استئوآرتریت زانو هستند. یکی از دلایل این اختلاف می تواند میزان تحرک بیشتر زنان نسبت به مردان باشد. همچنین از آن جایی که درد مفاصل زن شدیدتر است، امکان دارد که فرد به مسکن های قوی روی آورد که این مسکن ها می توانند آسیب جدی به بدن او وارد کنند.