این طور به نظر می رسد که 33 درصد بیماران در نهایت نیاز به عمل جراحی پیدا می کنند. علائم بیماری مانند دل درد، اسهال خونی و التهاب روده را می توان با عمل جراحی متوقف کرد. متودهای جراحی برای درمان کولیت اولسراتیو کاملا وابسته به نظر پزشک و مبتنی بر روند پیشرفت بیماری شما است. عمل جراحی برداشتن تمامی روده، علائم را به طور کامل برطرف می کند. با این حال کولکتومی کامل یا برداشتن روده برای درمان کولیت اولسراتیو با عوارض دیگری همراه است. به همین خاطر کولکتومی ناقص گاهی اوقات بر آن ارجحیت دارد. در کولکتومی ناقص تنها بخش بیمار روده برداشته می شود.
با این حال این شیوه درمان برای همه لازم نیست و تنها برای موارد وخیم بیماری، لحاظ می شود. این شیوه درمان کولیت اولسراتیو برای افرادی که طی سال ها به درمان های دیگر پاسخ نداده اند، توصیه می شود. توجه داشته باشید که همان ابتدا به سراغ جراحی رفتن اصلا کار درستی نیست و ابتدا باید تمام روش ها موجود بررسی شوند. چه بسا جراحی عوارضی شدیدتری را نسبت به خود بیماری و علائم آن ایجاد کند.