زمانی که فرد مبتلا به مشکل صفراوی نمی تواند جراحی کند، ممکن است تحت عمل آندوسکوپی قرار گیرد که تنها با به یک بی حس کننده خفیف انجام می گیرد. یک دوربین فیبر نوری قابل انعطاف، یا آندوسکوپ، در داخل دهان قرار داده می شود و از طریق دستگاه گوارش به داخل کیسه صفرا وارد می شود. یک سیم الکتریکی داغ، مجرای صفرا را باز می کند. سپس سنگ ها برداشته و یا به سمت روده منتقل می شوند. درمان سنگ صفرا به صورت آندواسکوپی کولنگیوپانکراتوگرافی، سختی هایی دارد که معمولا پزشکان تمایلی به انجام آن ندارند. یکی از مهم ترین این سختی ها، رسیدن به مجرای کولدوک و common bill duct است که بسیار مشکل و زمان بر است.